水磨溪湿地自然保护区于2009年建立，位于重庆市石柱县西沱镇长江干流岸边，属于内陆湿地县级自然保护区，主要保护湿地生态系统和以国家一级保护植物、三峡库区特有种荷叶铁线蕨为代表的野生动植物资源。2011年6月起，石柱土家族自治县某港经济开发有限公司（以下简称某港开发公司）擅自占用该保护区兴建移民生态工业园基础设施，导致该保护区湿地生态系统遭到严重破坏。